La collezione malacologica di Palazzo d’Arco presenta numerosi pezzi ben conservati all’interno degli armadi e delle cassettiere del Museo naturalistico, alcuni dei quali ordinati secondo la disposizione progettata da Luigi d’Arco e in molti casi recanti ancora le etichette autografe del Conte. A titolo d’esempio, nella Sala di Apollo del Museo, all’interno degli scrittoi ottocenteschi, sono conservate in ottime condizioni alcune scatole in cartone decorato, suddivise in numerosi piccoli scomparti, fatte realizzare molto probabilmente da Luigi stesso: sul bordo di ogni casella, con minuscola grafia, è indicato il nome dell’esemplare lì collocato. Nello scrittoio vicino alla finestra si ritrova anche una scatola contenente alcuni campioni di uova di squalo, cavallucci marini e un pesce ago. Gli esemplari della collezione malacologica, che durante la prima ricognizione del 1995 risultavano 639, molto spesso hanno dimensioni tali da non consentire un conteggio privo di imprecisioni, pertanto, con questa prima ricognizione effettuata nell’ambito del progetto “Mantova tra Illuminismo e Positivismo”, si è pervenuti ad un computo di circa 5000 pezzi, attualmente ancora in fase di riordino. La collezione si compone di specie d’acqua dolce, oltre che marine e terricole. Per quanto riguarda le specie marine, la provenienza si colloca sia in area mediterranea, sia indo-pacifica: la raccolta presenta numerosi campioni di notevole impatto estetico - come ad esempio Turbo sarmaticus - e i numerosi e variegati esemplari di cipree e di Murex. All’interno di una delle vetrine espositive del Museo, nella sala di Seth, sono esposte 225 conchiglie: gli esemplari meglio conservati e più gradevoli esteticamente, quasi tutti di provenienza extramediterranea.