Per quanto riguarda la dotazione paleontologica del Gabinetto di Scienze Naturali del Liceo Virgilio spicca, in un contesto abbastanza variegato di reperti, la generosa donazione di Giovambattista Gherardo d’Arco, testimoniata da un proprio manoscritto conservato nell’archiviodel museo: alcuni pezzi, provenienti dalla collezione del nobile mantovano, giungono nel 1777 al Museo di Storia Naturale della Regia Accademia di Mantova per poi confluire, insieme al resto del materiale là ospitato, nel Gabinetto del Liceo. Si tratta in particolare di pesci fossili provenienti dal sito di Bolca - nel veronese – oltre a denti di squalo, conchiglie, gusci di Echinodermie qualche altro reperto di origine vegetale. Oltre ai pezzi relativi a questa donazione si trova anche una raccolta di altri campioni, prevalentemente gusci o impronte interne di Molluschi Gasteropodi e Bivalvi. Nel corredo della collezione paleontologica si segnala ancheuna cassetta contenente 100 fossili per uso didattico, ciascuno collocato in una scatolina di cartone blu dotata di cartellino, acquistata dalla ditta Paravia e Comp.
La collezione malacologica, esposta in parte in un armadio-vetrina e per il resto contenuta in una grande cassettiera del Museo, rappresenta un nucleo di reperti appartenenti a diverse acquisizioni effettuate dalla scuola nell’arco di due secoli e annovera migliaia di pezzi, la maggior parte dei quali in buono stato di conservazione. Tra questi si segnalano diverse Cipree, una Pinna nobilis (forse parte della donazione di Gherardo d’Arco) e alcuni Murex. Una parteconsistente della collezione proviene dalle raccolte di Antonio Salvetti da Pirano (all’epoca città Triestina, ora slovena), farmacista, ma anche appassionato malacologo: molti dei reperti custoditi nel Gabinetto naturalistico del Liceo, infatti, sono conservati dentro a piccole scatoledi cartone recanti a stampa il nome dello studioso istriano.