L’Appartamento dell’Imperatrice è così denominato perché creato nel 1778 da Paolo Pozzo per Beatrice d’Este moglie di Ferdinando d’Austria, in occasione del loro passaggio per Mantova. Le stanze vennero realizzate all’interno della duecentesca Magna Domus che costituisce, assieme a parte del Palazzo del Capitano, la principale testimonianza della primissima fase architettonica del Palazzo Ducale, riferibile ancora al periodo bonacolsiano. L’edificio è in realtà formato dall’unione, avvenuta ancora nel Medioevo, di una torre con un palazzo (le due strutture sono individuabili dal portico esterno; la campata a destra del portale romanico corrisponde alla torre); tutto il blocco rimase di proprietà dei Bonacolsi fino quasi al 1355, quando gli ultimi loro possedimenti di qualche importanza furono acquistati dai Gonzaga. Modifiche furono apportate nella Magna Domus nel Cinquecento ma soprattutto sul finire del Settecento, quando, assieme al Palazzo del Capitano, venne ristrutturata in modo radicale, conferendogli l’aspetto che ha oggi.
Nella camera da letto troviamo un ricchissimo letto a baldacchino degli inizi del XIX secolo fatto venire da Milano dal viceré Eugenio di Beurnhais nel 1810; l’arredo è completato da specchiere di chiaro sapore neoclassico, da consolle, camini e persino da cassettine portalegna. Anche la successiva saletta presenta decorazioni di carattere neoclassico, mentre nel terzo ambiente, con affaccio su piazza Sordello sono conservati, oltre a uno specchio del primo Ottocento riccamente decorato, quattro dipinti settecenteschi: il Ritratto di Maria Teresa d’Austria di mano di Felice Campi (1775) e altri tre ritratti di alti dignitari austriaci, il principe Wenzel Anton von Kaunitz-Rietberg, il principe Joseph von Sperges e il conte Karl von Firmian. L’arredo di questi locali e delle stanze retrostanti è originale della fine del Settecento; vi sono tavoli e consolle di stile Luigi XVI ma anche di stile impero, quindi databili a cavallo tra Settecento e Ottocento. Una sala ospita alcune tele dipinte con succhi d’erba: curiosi finti arazzi realizzati unicamente con sostanze vegetali; settecenteschi, pare provengano dal Palazzo Ducale di Revere.
Nelle successive stanze è conservato l’arredo originale del XVIII e XIX secolo: divani e sgabelli, consolle, tavolini da gioco con gambe mobili, specchiere con vetri di Murano, ma anche dipinti, come le quattro tele dell’agordino Giuseppe Zais, raffiguranti Paesaggi e altri quattro Paesaggi, a tempera su carta, del veronese Giuseppe Canella. Alcuni piani di marmo dei tavoli vennero ottenuti intorno al 1773 segando lastre marmoree conservate nei magazzini del palazzo; un lavoro simile venne fatto sui camini: quelli cinquecenteschi furono talvolta rilavorati e resi più sobri, in linea col gusto del tempo. In un’ampia sala è stata collocata la raccolta di dipinti dell’Azienda Ospedaliera “Carlo Poma” di Mantova, che include alcune opere di pregio: una Madonna col Bambino e san Giovannino attribuita a Daniel van den Dyck, una Incoronazione di spine di Lucrina Fetti (1629) e alcune tele del vicentino Pietro Fabbri.
Nella stanza da bagno infine è collocata una vasca in marmo che probabilmente viene da Sabbioneta: alcuni marmi pregiati di lì giunti vennero impiegati in varie parti del palazzo, nel camerino attiguo alla Sala di Amore e Psiche, nel Kaffeehaus, e probabilmente nell’Appartamento delle Imperatrici.